Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

С помощью программы ednadist была получена матрица эволюционных расстояний между последовательностями по Джуксу_Кантору:

Были построены следующие филогенетические деревья (неукоренённые деревья получены с помощью программы drawtree пакета Phylip):

-по методу UPGMA с помощью программы eneighbor

+------b +-----------1 +---2 +------c ! ! +-------3 +------------------a ! ! +---------------4 +----------------------d ! ! --5 +------------------------------e ! +----------------------------------------------f

(((((b:0.12115,c:0.12115):0.19543,a:0.31658):0.07027,d:0.38685):0.12924,e:0.51609):0.26691,f:0.78300);

-по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью программы eneighbor

+----------d ! ! +---------------e --4--2 ! +-------------------------------f ! ! +---b ! +------1 +--3 +--c ! +---------a

(c:0.11591,((e:0.82864,(f:1.82025,d:0.36711):0.08719):0.08398,a:0.34958):0.22476,b:0.13747);

-по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood) с помощью программы ednaml

+-c ! ! +---------------e ! +--3 ! ! ! +-----------------------------------f --1---2 +--4 ! ! +------d ! ! ! +------a ! +--b

(c:0.11591,((e:0.82864,(f:1.82025,d:0.36711):0.08719):0.08398,a:0.34958):0.22476,b:0.13747);

по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars

+--f +--5 +--4 +--e ! ! +--3 +-----d ! ! +--2 +--------a ! ! --1 +-----------c ! +--------------b

(((((f,e),d),a),c),b);

Таблица, отражающая топологию исходного филогенетического дерева и четырёх вариантов его реконструкции: Алгоритмы Neighbor-Joining и UPGMA используют при построении матрицы расстояний между последовательностями, Maximum Likelihood и Parsimony являются символьно-ориентированными (используют выравнивания). UPGMA - единственный алгоритм строящий ультраметрические и, следовательно, укоренённые деревья. Это удобно в данном случае, так как модельные данные являются ультраметрическими.

Реконструкция хода эволюции при таких расстояниях может считаться надёжной. Только один метод ошибься - Neighbor-Joining. Ошибка, видимо, вызвана тем, что последовательности d и f ближе, чем e и f (это видно из матрицы эволюционных расстояний).